La Fatturazione Elettronica è la nuova modalità di emissione della fattura, che al posto del rilascio del documento cartaceo, prevede l'emissione in modalità digitale. Si tratta di un "inoltro telematico" strutturato tramite un sistema piuttosto complesso, dove i dati della fattura vengono trasmessi da colui che emette la fattura, ad un "sistema di interscambio" gestito dall'Agenzia delle Entrate e da questa, dirottati al destinatario della fattura.
La Fattura Elettronica, quindi, non è una semplice versione in PDF di un documento cartaceo: è un "flusso dati" che viene trasmesso all'Agenzia delle Entrate e da questa inoltrato al destinatario.

Dal 31 marzo 2015 l'obbligo di emettere la Fattura Elettronica è stato introdotto per le fatture nei confronti degli Enti Pubblici e della Pubblica Amministrazione. Dal 1° gennaio 2019 tale obbligo riguarda anche le fatture emesse nei confronti dei privati.

ATTENZIONE: Con la pubblicazione in Gazzetta Ufficiale (GU 27 dicembre 2024 n. 302), del c.d. decreto “Milleproroghe” (DL 27 dicembre 2024 n. 202), diviene ufficiale la proroga di ulteriori tre mesi del divieto di fatturazione elettronica delle prestazioni sanitarie verso consumatori finali. Pertanto, in base all’art. 3 del DL 202/2024: il “divieto di fatturazione elettronica è prorogato fino al 31 marzo 2025”. Permarrà, quindi, fino a tale data, il divieto di emettere fatture elettroniche mediante Sistema di Interscambio, in capo ai soggetti tenuti all’invio dei dati al Sistema Tessera Sanitaria, con riferimento alle fatture i cui dati sono da inviare a detto Sistema.
Come avvenuto in occasione delle altre proroghe, il divieto è da intendersi esteso, per il primo trimestre 2025, anche ai soggetti che non sono tenuti all’invio dei dati al Sistema TS, con riguardo alle fatture relative a prestazioni sanitarie effettuate nei confronti di persone fisiche."

Viceversa la Fattura Elettronica è obbligatoria sempre per le prestazioni nei confronti di assicurazioni, ditte, aziende, enti e altri professionisti.

Riepilogo

La fatturazione elettronica attiva (cioè la fattura elettronica emessa dal medico) è obbligatoria per prestazioni rese nei confronti di Pubbliche Amministrazioni, ad eccezione del caso dei Medici di Medicina Generale e Pediatri di Libera Scelta convenzionati con il SSN, i quali non sono tenuti alla fatturazione nei confronti della ASL per i loro compensi mensili (Risoluzione n. 98/E del 2015 dell'Agenzia delle Entrate). E' altresì obbligatoria per prestazioni nei confronti di strutture sanitarie private o di altri soggetti titolari di Partita IVA compresi i rapporti fra medici (es: sostituzioni e collaborazioni).
Viceversa, la fatturazione elettronica è esclusa (e permane l'obbligo della fattura cartacea) per le prestazioni rese nei confronti dei privati cittadini (assistiti), a norma di quanto previsto dal decreto riportato sopra.

Sul versante della fatturazione passiva (cioè le fatture emesse dai fornitori del medico), ogni fornitore si comporterà a seconda del suo regime fiscale e, nel caso in cui sia obbligato alla fatturazione elettronica, il medico gli dovrà comunicare il proprio codice destinatario o la propria PEC. Per agevolare l'inoltro di tali dati, il medico può generare un QR Code (vedasi istruzioni sul sito dell'Agenzia delle Entrate).

La conservazione "a norma" delle fatture elettroniche, sia attive che passive, può essere assolta utilizzando il software messo gratuitamente a disposizione dall'Agenzia delle Entrate oppure tramite altri strumenti software disponibili sul mercato.